消息传到南京，所有人无不大惊失色。马士英老于官场，见自己部将窝里反，想来争也没用。连忙向朱由崧表白心迹，成为从龙文臣第一人。
史可法一开始还蒙在鼓里，指手画脚的不服，又在写给马士英的信中痛骂朱由崧昏聩糊涂。没想到却成为落在别人手中的把柄。随即马士英便带领大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。大势已定，满心悔恨的史可法和东林党人也只好接受这个现实了。
最后官员们一致佣立朱由崧成为南明帝国的新皇帝，定都南京。而原来在南明历史上有名的江北四镇，由于刘泽清早早的死在刘佩手里，所以南明四镇就变成了南明三镇。
而且黄得功，高杰和刘良佐这三个人已经明显出现了军阀化的苗头，各自佣兵镇守一方。但是出于对文官系统的习惯性畏惧，他们依旧在朝堂上没有太多的发言权。所以整个南明朝堂上依旧是文官的天下！
但是这里问题就出现了，本来就占据朝堂多数的东林党人老家根本就是江南地区，所以在拥立弘光帝之后，朝堂上东林党人再次占据上风！
本来在国破家亡的危机关头，按理来说，朝堂上的人都应该团结起来共御外敌！可是这些东林党完全埋头不向北看，就当北方什么事情都没发生，关起门来一心一意的过自己的小日子。
结果就出现了一个很奇葩的情况：刘佩在这里打垮了大顺军，又击退的清军，现在马上就要将整个大顺军的控制区全部纳入麾下的时候，他们才发现北方出现了这么一只可怕的力量！而且他们居然不知道刘佩北上对抗清军的消息。
这些东林党人在临时安稳的这段时间内，完全忘记了外敌的情况。他们旧病复发，再次开始了内部斗争！
所有人都认为应该让“正人”来占据朝堂，但是谁是“正人”那？只有自己这一派才是“正人”！而且自己才是本派系里“正人中的正人”！
所以他们今天你弹劾我，明天我揭露你！在同一个旗帜下的东林党分成几派，你打我拉的闹成一团！他们完全忘记了该做的事情，甚至连最起码的北上侦查都没有做出来！
他们收到的消息来源竟然是那些商人！那些进入到山东的商人收到消息并带了回去。而那些能够长途行商的商人大部分都是背后有人的。他们讲消息传到背后的官员那里，这件事情才在庙堂上逐步传开。
在消息传开之后，整个南明朝堂上虽然没有人明确提出来，但是大家却在暗中相互印证，相互打探。最终确定了李自成被击败的消息！
但是所有收到消息的人，都不约而同的将刘佩北上击退清军的消息当做夸张的流言，从自家的消息当中排除了出去！就这样，整个南明朝堂上大家都在装糊涂！
在正常历史上，南明在这方面做的也是一塌糊涂！他们甚至根本不知道吴三桂是真的投降清军了，而是一厢情愿的认为他依然忠于大明！甚至还为大清击败了大顺军而连连叫好！他们忘记了大清同样是食人的猛兽！
而且最离谱的是，他们对远处的事情摸不清，对近在眼前的事情同样搞不清楚！
当清军开始在中原攻城掠地，他们也明确知道清军明显是怀着敌意的时候，他们居然依然没有向北方侦查的行动！
在清军在追剿李自成等人的时候，因为兵力不足，清军不得不将最先占领的山东地区兵力抽空！他们只在山东留下了象征性的兵力，以表示占领。