魔族军常规部队统领路西法率领大军和近卫亲兵部队的一个军团大举进攻地下帝国格兰特。当时为了对抗魔族军，所有国度派遣诸多精锐部队加入亚瑟斯的伊特拉姆联军，国内虽然也留守了不少部队，但在质量上就有所下降。
面对魔族军突如其来的进攻，各个国度尽管早已加固的城池，但魔族军此次前来的军团已经比第一阶段的魔族军高出一个档次。每个国度守军的抵抗犹如螳臂当车，很快就全线溃被。
格兰特留守了几十万伊特拉姆战士，近十万傀儡人部队，近十万傀儡龙部队。经过数个月的抵抗，全军遭受重大损失。亚瑟斯在魔族军第二阶段入侵行动中，也成为主要攻击对象，多处受敌。纵使如此，他还是派兵前来增援格兰特王国，但援军刚出发没多久就遭到了拦截，前进速度极慢。
一年后，援军迟迟没来。守军几乎损失殆尽，无数民众被魔族军俘虏。一部分王室贵族率领残存部队开始杀出一条血路，带领幸存的民众向外撤离。另一部分王室贵族则率领亲信做最后的抵抗，一来不辱格兰特王国的威名，二来可以为撤退的民众争取时间。傀儡龙王布拉卡斯也拒绝撤退，率领残存的族人和幸存的傀儡人部队加入了抵抗行列。
看到这里，Eterynal、生鱼片、湘岚和牧星都从索普恩的话语间感受到一丝悲凉之意。每一句话，每一个字，都体现了索普恩对祖国即将灭亡的懊悔与悲伤。先前，索普恩因之前预料到合成生命体将会由于产生自我意识的缘故，发生叛乱，而得到所有科学家的一致肯定。内战不久后，年仅四十五岁的他已经成为史上最年轻的12首席科学家之首。
到了格兰特王国即将灭亡的此刻，他感到作为首席科学家之首，却无法用自己的科学知识避免亡国灾难，而感到懊悔。他后悔当初为何不提出将“天石”的知识共享给其他王国，为何不能阻止生物兵器叛乱，为何不能早些解开“八星之石”的秘密，为何……
后悔已经没有用了。日志已经即将结束。索普恩提到，当最后一段日子里，他们所在防御工事也即将被突破，残存部队赶来带领他们撤离，他拒绝了。正当战士们要架着他离开时，魔族军杀了进来！为了掩护他，战士们一个一个倒在血泊中。当退到核心动力区时，魔族军已经几乎歼灭了前来接应他的战士。幸亏他对格兰特的地形相当熟悉，就甩开魔族军的追击，来到了这个秘密实验室。这里是他们研究合成生命体的地方，玛雅生命体、咒怨魔王和艾尔菲丝都是在这里诞生的。由于为了防止辐射外泄，此地的墙壁内被加入了特殊材料，可以防止任何侦测魔法。魔族军搜遍了核心动力区都没能找到他的影子，便离去了。
索普恩在这个秘密实验室内虽然绝对安全，但没有食物和水，他活不了三天。这三天里，索普恩感到度日如年。外面战斗的声音不断，似乎魔族军已经在做左后的扫荡工作。偶尔会有人类的声音，但他始终没有出去。他想到了死去的家人和朋友，昔日的同事或许已经逃了出去，也或许已经死去。家园的灭亡已经成为不可逆转的历史车轮。
第二天中，索普恩发现了奇怪的事情。从实验室的远程操作仪器中，他发现玛雅生命体出现异动，变得狂躁不已。不知道是魔族军的入侵对其造成了不良影响，还是其他什么原因。用仪器进行分析后，他惊恐的发现被封印在玛雅生命体体内的咒怨魔王竟然从沉睡中发出阵阵鸣动，虽然极其微弱，恐怕魔族军的侦测魔法都未必能发现，但精密的仪器却发现了这个现象。深入分析后，他才明白，由于核心动力区暂停工作，使得玛雅生命体不得不大幅度调整动力配置，试图让地下帝国能正常运转。但这一举动却使得玛雅生命体自身能量受到大量消耗。或许就是这个原因，让咒怨魔王从沉睡中逐渐醒来。咒怨魔王拥有控制精神力的能力，也许他已经对能量即将枯竭的玛雅生命体下手了！此时此刻的他，已经无法阻止咒怨魔王苏醒，不知道接下来会发生什么样的事情……
而后的第三天，他放弃了阻止咒怨魔王的念头，感慨一番。写的字迹越来越潦草，也越来越模糊，似乎他快要到了生命的尽头。翻到最后一页，上面写着这样一段话：我的一生都奉献给格兰特王国的科学事业。我本希望我的努力能够让国度变得强大，人类变得兴旺，但是事与愿违，人类可能终将被地狱魔族灭亡。不过，这几天的梦境中，我始终会见到人类最终战胜魔族的那一刻。可能是我太希望发生这种事情，忽略了现实的真相。但真切的希望，进入这个秘密实验室，翻开这本日志的人，是人类，而不是魔族。也真切的希望，这本日志中所写下的科学研究日志永远不要被后人使用，因为这原本就不是属于我们的东西。如果你是人类，我想请你满足一个已死之人的意愿，就是能够阻止咒怨魔王。请人类的你将你的手放在这本日志上，它会指引你该如何走下去……写到这里，日志就此结束了。
Eterynal和生鱼片一同合上这本带着索普恩无尽悲伤的日志，抬头凝视着他的遗体。湘岚和牧星站了起来，低头看着这具先辈的遗体，一言不发。
瞻仰了片刻先人的遗体后，生鱼片、湘岚和牧星都盯着Eterynal看。Eterynal会意的点了点头，将手放到了日志上。忽然，日志放出万道白光，将众人刺得完全睁不可以。生鱼片急忙将日志丢在地上，跟着Eterynal他们三人连连退了好几步，将手挡在眼前。
日志悬浮离地半人高的半空中，白光渐渐熄灭。正当众人惊奇的盯着日志时，这本陈旧的羊皮书便化作一团白光，轻轻漂浮在那里。
“啊！”牧星惊呼道，“那么值钱的东西就这样变没了，圣心，你这个败家子！”
Eterynal连声喊冤：“我……这怎么能怪我！”
生鱼片拉住想要上前暴打Eterynal的牧星，指着那团白光道：“别闹了！快看！”
只见白光化作无数光点，成群结队地飞向索普恩依靠的那堵墙壁，就像一群在夏日草丛中飞舞的萤火虫一般。光点一接触到墙壁，就“嗖”地一声，消失地无影无踪。当最后一个光点消失后，索普恩的尸体竟然动了！