奈克赛斯和黑暗梅菲斯特两人展开过多次死斗,但因为实力不相上下,始终没有结果。

    黑暗梅菲斯特召唤被姬矢准消灭的第一头异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起,被压制而陷入苦战,最终在夜袭队的援助下险胜。

    虽然战胜了地狱三头犬,但因为经过多番战斗,姬矢准的身体已破损不堪,在击败格鲁格来姆后又被TLT捉拿进行实验,身体情况更是雪上加霜。

    此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯到终焉之地决战。被奈克赛斯多次救回的夜袭队也终于对奈克赛斯认同,更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯。

    奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准,他便预言光会被某人继承,当异生兽再度出现的时候,新的奥特曼出现了。

    姬矢准消失后,异生兽依然继续出现,这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。

    战斗过后,孤门在附近一带搜查时,发现一个可疑的少年,于是便跟踪他。从伤势上,孤门可以肯定这少年便是适能者。

    孤门道明来意后,与少年千树怜成为了好友,并承诺会保守秘密。

    TLT亦对千树怜起了疑心,派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败,还与怜成为了朋友,甚至开始爱上了他。

    在孤门和瑞生追查下,发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划,怜是从美国逃出来的。

    在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再次出现,但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。后来沟吕木被TLT捉住,在囚室间他恢复了记忆,更得知自己只是黑幕的傀儡,沟吕木决定在死前与那女孩再见面,于是胁持瑞生离开。

    在同一时间,未知之手将黑暗梅菲斯特的力量与MP的三泽广之融合,诞生了黑暗梅菲斯特第二代,向众人袭来。

    孤门和西条在追捕沟吕木真也时,三泽突然变身成黑暗梅菲斯特第二代攻击众人,幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯特二代,不过却陷入苦战。恢复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯特,沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特二代抓住,奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭,沟吕木最终死在了西条的怀里。

    作为“普罗米修斯之子计划”的失败作,怜的身体日渐衰弱,但这次的异生兽却有展开领域的能力,使奈克赛斯不能展开“美塔领域”,也阻碍黑暗领域的展开。

    怜迫于无奈在真实世界作战。打退梅嘎福拉什后因千树怜体力不支加上被TAT捉拿进行实验,在千树怜体力迅速下降时,随后被夜袭队救下。

    梅嘎福拉什及伽汝布斯都被打败后,“未知之手”只好利用过去所有异生兽合成强力异生兽伊兹麦鲁,怜亦只好冒死出战

    。奈克赛斯一直陷入苦战,在危急关头下,幸得说明者鼓励,令奈克赛斯再次站起来并打败伊兹麦鲁。事后怜已疲倦得倒在地上,幸好补完药物“拉斐尔”及时完成,怜才得以续命。

    怜之后,下一个适能者竟是西条副队长,同时石堀队员亦露出了真面目。